Analysis of the Potential of Bioactive Compounds in Benincasa hispida as Candidate GST-Targeting Drugs through an In Silico Study

Abstract

Gastrointestinal Stromal Tumor (GIST) merupakan jenis tumor mesenkimal yang paling sering ditemukan pada saluran pencernaan. Terapi lini kedua saat ini menggunakan Sunitinib, namun obat ini memiliki profil efek samping hematologi dan non-hematologi yang cukup luas. Oleh karena itu, pengembangan terapi alternatif berbasis bahan alam seperti Benincasa hispida yang kaya akan senyawa bioaktif sangat diperlukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi senyawa bioaktif dari B. Hidpida sebagai kandidat obat penarget GIST melalui pendekatan in silico. Penelitian dilakukan secara komputasi (in silico) dengan tahapan meliputi prediksi aktivitas biologis menggunakan PASS Online, uji drug-likeness berbasis SwissADME, serta simulasi molecular docking menggunakan PyRx dan Biovia Discovery Studio terhadap protein target Platelet-Derived Growth Factor Receptor Alpha (PDGFRA). Hasil analisis PASS Online menunjukkan bahwa senyawa Isomultiflorenyl acetate memiliki nilai aktivitas potensial (Potential Activity/Pa) tertinggi sebesar 0,913, mengindikasikan bioaktivitas yang sangat kuat. Uji drug-likeness memperlihatkan senyawa ini memenuhi kriteria Lipinski’s Rule of Five meskipun terdapat pelanggaran pada nilai refraktivitas molar (MR 144,6). Hasil simulasi molecular docking menunjukkan Isomultiflorenyl acetate memiliki afinitas pengikatan (binding affinity) terbaik sebesar −8,7 kcal/mol, yang lebih kuat dan stabil dibandingkan obat kontrol Sunitinib (B49) dengan nilai −7,2 kcal/mol. Kestabilan kompleks ligan-reseptor ini didukung oleh pembentukan ikatan Hidrogen Konvensional dengan residu ARG585, Pi-Sigma dengan TRP586, dan Pi-Alkil dengan PHE969. Senyawa Isomultiflorenyl acetate dari B. hispida berpotensi besar untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat agen terapi penarget Gastrointestinal Stromal Tumor (GIST) berbasis bahan alam.